Cawangan Labuan

1.  Unit Buhuth

• Menjalankan penyelidikan dan menyediakan bahan untuk kertas kerja cadangan fatwa.
• Mengkaji dan mentahqiq kitab-kitab turath yang muktabar berkaitan hukum dan fatwa.
• Meneliti dan menyediakan jawapan kepada pertanyaan masyarakat di WP Labuan.
• Menjalankan kajian fatwa dan manuskrip serta meneliti kesesuaian semasa berkait permasalahan umat Islam di WP Labuan.
• Memberi khidmat nasihat mengenai permasalahan agama kepada masyarakat selari dengan apa yang telah dikeluarkan oleh JMWP.
• Menjalankan siasatan terhadap laporan berkenaan kesalahan penyampaian penceramah atau pegang tauliah yang dijemput di surau dan masjid di WP Labuan.
• Menjalankan kajian berkenaan kesesuaian amalan dan kebiasaan yg diamalkan di sekitar WP Labuan. 

2.  Unit Istinbat

• Menjalankan Seminar dan Bengkel Penjelasan Fatwa semasa kepada masyarakat awam.
• Menjalankan Kelas/Seminar/Bengkel Interaktif/Tahsin Ibadah & Al-Quran kepada pemegang tauliah mengajar agama Islam dan orang awam.
• Menguruskan permohonan tauliah mengajar agama Islam umum dan tauliah khas. 
• Menjalankan temuduga bagi permohonan tauliah mengajar agama Islam. 
• Menyediakan dan menyelaras pembentangan kertas kerja dalam Mesyuarat Jawatankuasa Pengawasan Mengajar Agama Islam WP.
• Mengadakan Majlis Muzakarah Pemegang Tauliah Mengajar Agama Islam WP.
• Menjalankan pemantauan penceramah dan pemegang tauliah mengajar agama Islam di mana-mana premis bersama agensi berwajib.

3.  Unit Falak

• Menjalankan aktiviti cerapan hilal rasmi, berkala dan lain-lain cerapan yang berkait ibadah.
• Melaksanakan tugas penentuan, semakan dan pengesahan arah kiblat di WP Labuan.
• Membuat pengiraan, penyelarasan dan penyediaan takwim Hijri, takwim solat, takwim imsak dan berbuka puasa bagi seluruh WP Labuan.
• Menjalankan penyelidikan dan pendidikan falak melalui aktiviti dan program di WP Labuan.
• Menyebarkan maklumat berkaitan falak kepada masyarakat di WP Labuan.

4.  Unit Khidmat Sokongan

• Mengurus tadbir hal-hal berkaitan pengurusan am pejabat, struktur organisasi jabatan serta surat-menyurat jabatan dan kerajaan.
• Mengurus tadbir hal-hal berkaitan perkhidmatan dan pentadbiran sumber manusia.
• Mengurus tadbir hal-hal berkaitan pengurusan bajet dan kewangan jabatan.
• Mengurus dan memastikan kenderaan jabatan berada dalam keadaan yang baik.
• Mengemas kini fail dan rekod jabatan serta mengurus hal berkaitan penyelenggaran, pelupusan dan pemeliharaan rekod awam.
• Mengurus dan mengemas kini aset dan stor jabatan.
• Menguruskan cuti secara manual dan melalui sistem HRMIS.
• Mengurus dan menyelaras komunikasi dan teknologi maklumat termasuk pengemaskinian maklumat jabatan.
• Membantu menyelesaikan masalah teknikal dan IT jabatan dan menyelenggara sistem rangkaian komputer setempat (LAN).